Theo nội dung báo cáo, hướng tuyến và vị trí các nhà ga của dự án đã có nhiều điều chỉnh so với quy hoạch ban đầu, nhằm phù hợp với chiến lược phát triển hệ thống đường sắt quốc gia, cũng như quy hoạch đầu mối giao thông đường sắt khu vực Hà Nội hiện đang được Bộ Xây dựng thẩm định.
Cụ thể, ga Ngọc Hồi theo phương án cũ vừa phục vụ tàu khách, vừa tiếp nhận tàu hàng với khổ ray 1.000mm và 1.435mm. Tuy nhiên, theo định hướng mới, ga này sẽ trở thành ga đầu mối phục vụ hành khách cho nhiều tuyến quan trọng như đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam, tuyến Vành đai phía Đông, tuyến Vành đai phía Tây và tuyến Bắc - Nam hiện hữu. Chức năng hàng hóa được điều chuyển sang ga Thường Tín, nơi được xác định là ga đầu mối hàng hóa phía Nam của mạng lưới đường sắt quốc gia.
Việc điều chỉnh này đồng nghĩa tuyến đường sắt Vành đai phía Đông sẽ không còn kết nối tàu hàng vào ga Ngọc Hồi, mà chuyển sang kết nối với ga Thường Tín. Trong trường hợp ga Thường Tín được đầu tư đồng bộ với tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam và hoàn thành trước, tuyến Vành đai phía Đông sẽ kết nối trực tiếp vào đây.
Ngược lại, nếu tuyến Vành đai phía Đông triển khai trước, cần xây dựng đoạn nối tạm dài khoảng 3,3km từ vị trí km22+300 trên tuyến đường sắt khổ 1.000mm hiện hữu để kết nối vào ga Thường Tín.
Ở phía Bắc tuyến, điểm cuối ban đầu được xác định tại ga Thạch Lỗi. Tuy nhiên, do ga này đã được tích hợp trong Dự án đường sắt Lào Cai - Hà Nội - Hải Phòng, nên điểm kết thúc của tuyến được đề xuất điều chỉnh sang ga Kim Sơn - một vị trí phù hợp hơn trong quy hoạch hiện hành.
Tổng chiều dài tuyến chính theo phương án điều chỉnh là khoảng 30,7km. Ngoài ra, có thêm khoảng 11,3km tuyến nhánh nối vào các ga Lạc Đạo, Tuấn Lương và Lương Tài. Như vậy, so với phương án trước đây, tuyến đã được rút ngắn khoảng 17km, giúp tiết kiệm chi phí và tăng tính khả thi.
Cùng với việc điều chỉnh hướng tuyến, số lượng nhà ga cũng được rà soát lại. Thay vì 9 ga như phương án cũ (gồm Ngọc Hồi, Hưng Long, Lạc Đạo, Trung Màu, Yên Thường, Yên Viên, Đông Hưng, Bắc Hồng và Thạch Lỗi), phương án mới chỉ giữ lại 7 ga. Trong đó, các ga Ngọc Hồi, Kim Sơn và Lương Tài sẽ thực hiện nối ray; Thường Tín và Hưng Long là các ga xây mới; còn Lạc Đạo và Tuấn Lương sẽ được cải tạo, nâng cấp trên cơ sở hạ tầng hiện có.
Dự án đường sắt Vành đai phía Đông đoạn Ngọc Hồi - Lạc Đạo - Bắc Hồng là một trong 9 tuyến đường sắt được quy hoạch mới theo Quyết định số 1769/QĐ-TTg ngày 19/10/2021 của Thủ tướng Chính phủ, về phê duyệt Quy hoạch mạng lưới đường sắt thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050. Tuyến này được xác định là đường đôi, khổ lồng 1.000mm và 1.435mm, với tổng chiều dài khoảng 59km, và nằm trong danh mục các tuyến được ưu tiên đầu tư trong giai đoạn đến năm 2030.
